В 1954 году согласно приказу Министерства Здравоохранения Марийской АССР произошло разделение больницы на городскую и республиканскую.
Инфекционное отделение осталось одним из подразделений городской больницы
Первоначально оно располагалось в деревянном одноэтажном здании по ул. Волкова, 206.
В 1968 году инфекционное отделение перешло в новый корпус по ул.К. Либнехта, 55 и заняло 2 этажа в трехэтажном корпусе.
На первом этаже расположено боксовое мельцеровское отделение на 30 коек, на втором – полубоксы на 50 коек.
С 1968 г. по 1982 г. отделением заведовала Михеева Л. Г.
С 1982 г. по 1987 г.— Балуева М. Г.
С 1987 г. по 1990 г.— Келарева В. И.
С 1990 г. по 2008 г.— Кушакова Т. А.
С 2008 г. отделением заведует Ахиева Л. Ю.

Инфекционное отделение специализируется на оказании населению высококвалифицированной лечебно-диагностической помощи в первую очередь с явлениями интоксикации, тяжелым преморбидным фоном и по эпидемиологическим показаниям:
• Грипп и ОРЗ;
• Острые кишечные инфекции;
• Менингококковая инфекция;
• Ботулизм;
• Клещевой энцефалит и боррелиоз; (подробнее)
• Геморрагическая лихорадка с почечным синдромом; (подробнее)
• Рожистое воспаление и ангины;
• Острые вирусные гепатиты;
• ВИЧ - инфекции.

Отделение ежедневно осуществляет круглосуточную экстренную госпитализацию пациентов и плановую госпитализацию больных с хроническими вирусными гепатитами «В» и «С» ( подробнее), оказывает консультативную помощь врачам других отделений городской больницы, ЛПУ города и республики в вопросах диагностики больных, осваивает и внедряет новые эффективные методы диагностики и лечения инфекционных болезней.